licenses/procheck

   1
   2
   3           PROCHECK - Stereochemical Quality of Protein Structures
   4           -------------------------------------------------------
   5                         and AQUA for PROCHECK-NMR
   6                         -------------------------
   7
   8                         CONFIDENTIALITY AGREEMENT
   9                         -------------------------
  10
  11
  12
  13 In regard to the PROCHECK suite of programs, specified in Appendix 1
  14 herewith and the AQUA suite of programs specified in Appendix 2 herewith
  15 (the Software) supplied to us, the copyright and other intellectual
  16 property rights to which belong to the authors, we
  17
  18     __________________________________________________________________
  19
  20 undertake to the authors that we shall be bound by the following terms and
  21 conditions:-
  22
  23 1. We will receive the Software and any related documentation in confidence
  24 and will not use the same except for the purpose of the department's own
  25 research. The Software will be used only by such of our officers or
  26 employees to whom it must reasonably be communicated to enable us to
  27 undertake our research and who agree to be bound by the same confidence.
  28 The department shall procure and enforce such agreement from its staff for
  29 the benefit of the authors.
  30
  31 2. The publication of research using the Software must reference
  32
  33    "Laskowski R A, MacArthur M W, Moss D S & Thornton J M (1993). PROCHECK:
  34    a program to check the stereochemical quality of protein
  35    structures. J. Appl.  Cryst., 26, 283-291."
  36
  37 and
  38
  39    "Rullmann J A C (1996). AQUA, Computer Program, Department of NMR
  40    Spectroscopy, Bijvoet Center for Biomolecular Research, Utrecht
  41    University, The Netherlands."
  42
  43
  44 3. Research shall take place solely at the department's premises at
  45
  46     __________________________________________________________________
  47
  48 4. All forms of the Software will be kept in a reasonably secure place to
  49 prevent unauthorised access.
  50
  51 5. Each copy of the Software or, if not practicable then, any package
  52 associated therewith shall be suitably marked (and such marking maintained)
  53 with the following copyright notice: " Copyright 1992 M W MacArthur, R A
  54 Laskowski, D S Moss, J A C Rullmann & J M Thornton All Rights Reserved".
  55
  56 6. The Software may be modified but any changes made shall be made
  57 available to the authors.
  58
  59 7. The Software shall be used exclusively for academic teaching and
  60 research. The Software will not be used for any commercial research or
  61 research associated with an industrial company.
  62
  63 8. The confidentiality obligation in paragraph one shall not apply:
  64
  65    (i)  to information and data known to the department at the time of
  66         receipt hereunder (as evidenced by its written records);
  67
  68   (ii)  to information and data which was at the time of receipt in the
  69         public domain or thereafter becomes so through no wrongful act of
  70         the department;
  71
  72  (iii)  to information and data which the department receives from a third
  73         party not in breach of any obligation of confidentiality owed to
  74         the authors.
  75
  76
  77
  78 Please sign this Undertaking and return a copy of it to indicate that you
  79 have read, understood and accepted the above terms.
  80
  81
  82
  83                       For and on behalf of _____________________________
  84
  85                       _________________________________________________
  86
  87                       ..................................................
  88
  89                       Dated ............................................
  90
  91
  92
  93
  94 APPENDIX 1 - DETAILS OF THE PROCHECK SUITE OF PROGRAMS PROVIDED (v.3.4.3)
  95 ---------------------------------------------------------------
  96
  97 Files to be included
  98 --------------------
  99
 100          1. anglen.f            }
 101          2. anglen.inc          }
 102          3. bplot.f             }
 103          4. bplot.inc           }
 104          5. brkcln.par          }
 105          6. clean.f             }
 106          7. gfac2pdb.f          }
 107          8. gfac2pdb.inc        }
 108          9. mplot.f             }
 109         10. mplot.inc           } Source program files
 110         11. nb.c                }
 111         12. pplot.f             }
 112         13. pplot.inc           }
 113         14. ps.f                }
 114         15. rmsdev.f            }
 115         16. rmsdev.inc          }
 116         17. secstr.f            }
 117         18. sstruc.par          }
 118         19. tplot.f             }
 119         20. tplot.inc           }
 120         21. viol2pdb.f          }
 121         22. viol2pdb.inc        }
 122         23. vplot.f             }
 123         24. vplot.inc           }
 124         25. gfac2pdb.scr        }
 125         26. procheck.com      }
 126         27. procheck.scr      }
 127         28. procheck_comp.com }
 128         29. procheck_comp.scr }
 129         30. procheck_nmr.scr  }
 130         31. proplot.com       }
 131         32. proplot.scr       } Script files
 132         33. proplot_comp.scr  }
 133         34. proplot_nmr.scr   }
 134         35. proplot_comp.com  }
 135         36. prosub.com        }
 136         37. setup.com         }
 137         38. setup.scr         }
 138         39. viol2pdb.scr      }
 139         40. convax.for         }
 140         41. procomp.com        } Installation files
 141         42. procomp.scr        }
 142         43. maninst.ps       }
 143         44. manual.tar.Z     } Documentation files
 144         45. nmr_manual.tar.Z }
 145         46. procheck.dat       }
 146         47. procheck.prm       } Data
 147         48. procheck_comp.prm  } files
 148         49. procheck_nmr.prm   }
 149
 150
 151 APPENDIX 2 - DETAILS OF THE AQUA SUITE OF PROGRAMS PROVIDED (v.0.40)
 152 -----------------------------------------------------------
 153
 154 Files to be included
 155 --------------------
 156
 157 Source files:-
 158 ------------
 159
 160 AquaCalc.c            AquaCalc.h
 161                       AquaData.h
 162 AquaDist.c            AquaDist.h
 163 AquaFiles.c           AquaFiles.h
 164 AquaFuncts.c          AquaFuncts.h
 165 AquaFuncts_biosym.c   AquaFuncts_biosym.h
 166 AquaFuncts_cv.c       AquaFuncts_cv.h
 167 AquaFuncts_io.c       AquaFuncts_io.h
 168 AquaFuncts_pdb.c      AquaFuncts_pdb.h
 169 AquaFuncts_pdbmr.c    AquaFuncts_pdbmr.h
 170 AquaHow.c             AquaHow.h
 171                       AquaMacros.h
 172 AquaPseudo.c          AquaPseudo.h
 173 AquaStrucset.c        AquaStrucset.h
 174                       AquaTypes.h
 175 AquaWhat.c            AquaWhat.h
 176 Qext.c                Qext.h
 177 Range.c               Range.h
 178                       cv_subs.h
 179
 180 Script files:-
 181 ------------
 182 ReadNrv.pm*           convDIANAtorsrestr    qdbext*
 183 aqdrst*               convDISGEOdistrestr   qguessc*
 184 aqpc*                 convDISGEOtorsrestr   qguessr*
 185 aqpcsel               convMRTABLE           qhelp*
 186 aquanal.pl*           convXPLORdistrestr    qmodr*
 187 clean0*               convXPLORtorsrestr    qsplitr*
 188 convBIOSYMdistrestr   makecmm*              qsumm*
 189 convBIOSYMtorsrestr   qconvert*             qsumm_aux1*
 190 convDIANAdistrestr    qconvr*               qsumm_aux2*
 191
 192 Documentation:-
 193 -------------
 194 README                 models.txt             qconvr.txt
 195 aqpc.txt               mr.txt                 qdbext.txt
 196 aqua_setup.txt         names.txt              qext.txt
 197 biosym.txt             overview.txt           qhelp.txt
 198 chains.txt             perl.txt               qsumm.txt
 199 conversion.txt         procheck.txt           restraint_format.txt
 200 dbas.txt               qanal.txt              setup.txt
 201 intro.txt              qclean.txt             torsion.txt
 202 log.txt                qconvert.txt           xplor.txt
 203
 204 Extras:-
 205 ------
 206 joinpdb*               splitpdb*
 207
 208
 209
 210 Please complete the above form, sign it, and then send or fax to:-
 211
 212
 213 Roman Laskowski
 214 European Bioinformatics Institute,
 215 Wellcome Trust Genome Campus,
 216 Hinxton,
 217 Cambridge, CB10 1SD,
 218 United Kingdom
 219
 220 Fax:- +44 (0)1223 494 468
 221
 222 If you have any problems either installing the software or running it,
 223 please e-mail your problems to:-
 224
 225     roman@ebi.ac.uk
 226
 227 Questions about AQUA should be directed to Ton Rullmann at
 228
 229       rull@nmr.chem.ruu.nl
 230