generalclamp.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 '''
   4 GENERALCLAMP.py
   5
   6 (c) 2008 Marco Brucale, Massimo Sandal
   7
   8 Plugin regarding general force clamp measurements
   9 '''
  10 from libhooke import WX_GOOD, ClickedPoint
  11 import wxversion
  12 import libhookecurve as lhc
  13 wxversion.select(WX_GOOD)
  14 from wx import PostEvent
  15
  16 class generalclampCommands:
  17
  18     def plotmanip_clamp(self, plot, current, customvalue=False):
  19         '''
  20         Handles some viewing options for the "force clamp" data format, depending on the state of these configuration variables:
  21         (1) If self.config['fc_showphase'] != 0, the 'phase' data column (i.e. the 2nd) is shown in the 0th graph (else it isn't)
  22         (2) If self.config['fc_showimposed'] != 0, the 'imposed deflection' data column (i.e. the 5th) is shown in the 1st graph (else it isn't)
  23         (3) If self.config['fc_interesting'] == 0, the entire curve is shown in the graphs; if it has a non-zero value N, only phase N is shown.
  24
  25         NOTE - my implementation of point(3) feels quite awkward - someone smarter than me plz polish that!
  26
  27         '''
  28
  29         #not a fclamp curve...
  30         if current.curve.experiment != 'clamp':
  31             return plot
  32
  33         if self.config['fc_interesting'] != 0 and plot.destination==0:
  34             lower = int((self.config['fc_interesting'])-1)
  35             upper = int((self.config['fc_interesting'])+1)
  36             trim = current.curve.trimindexes()[lower:upper]
  37             newtime = []
  38             newzpiezo = []
  39             newphase = []
  40             for x in range(trim[0],trim[1]):
  41                 newtime.append(self.plots[0].vectors[0][0][x])
  42                 newzpiezo.append(self.plots[0].vectors[0][1][x])
  43                 newphase.append(self.plots[0].vectors[1][1][x])
  44             self.plots[0].vectors[0][0] = newtime
  45             self.plots[0].vectors[0][1] = newzpiezo
  46             self.plots[0].vectors[1][0] = newtime
  47             self.plots[0].vectors[1][1] = newphase
  48
  49         if self.config['fc_interesting'] != 0 and plot.destination==1:
  50             lower = int((self.config['fc_interesting'])-1)
  51             upper = int((self.config['fc_interesting'])+1)
  52             trim = current.curve.trimindexes()[lower:upper]
  53             newtime = []
  54             newdefl = []
  55             newimposed = []
  56             for x in range(trim[0],trim[1]):
  57                 newtime.append(self.plots[1].vectors[0][0][x])
  58                 newdefl.append(self.plots[1].vectors[0][1][x])
  59                 newimposed.append(self.plots[1].vectors[1][1][x])
  60             self.plots[1].vectors[0][0] = newtime
  61             self.plots[1].vectors[0][1] = newdefl
  62             self.plots[1].vectors[1][0] = newtime
  63             self.plots[1].vectors[1][1] = newimposed
  64
  65         if self.config['fc_showphase'] == 0 and plot.destination==0:
  66             self.plots[0].remove_set(1)
  67
  68         if self.config['fc_showimposed'] == 0 and plot.destination==1:
  69             self.plots[1].remove_set(1)
  70
  71         return plot
  72
  73     def do_time(self,args):
  74         '''
  75         TIME
  76         Measure the time difference (in seconds) between two points
  77         Implemented only for force clamp
  78         ----
  79         Syntax: time
  80         '''
  81         if self.current.curve.experiment == 'clamp':
  82             print 'Click two points.'
  83             time=self._delta(set=0)[0]
  84             print str(time*1000)+' ms'
  85         else:
  86             print 'This command makes no sense for a non-force clamp experiment.'
  87
  88     def do_zpiezo(self,args):
  89         '''
  90         ZPIEZO
  91         Measure the zpiezo difference (in nm) between two points
  92         Implemented only for force clamp
  93         ----
  94         Syntax: zpiezo
  95         '''
  96         if self.current.curve.experiment == 'clamp':
  97             print 'Click two points.'
  98             points=self._measure_N_points(N=2)
  99             zpiezo=abs(points[0].graph_coords[1]-points[1].graph_coords[1])
 100             print str(zpiezo*(10**9))+' nm'
 101             to_dump='zpiezo '+self.current.path+' '+str(zpiezo*(10**9))+' nm'
 102             self.outlet.push(to_dump)
 103         else:
 104             print 'This command makes no sense for a non-force clamp experiment.'
 105
 106     def do_defl(self,args):
 107         '''
 108         DEFL
 109         Measure the deflection difference (in nm) between two points
 110         Implemented only for force clamp
 111         NOTE: It makes sense only on the time VS defl plot; it is still not masked for the other plot...
 112         -----
 113         Syntax: defl
 114         '''
 115         if self.current.curve.experiment == 'clamp':
 116             print 'Click two points.'
 117             points=self._measure_N_points(N=2)
 118             defl=abs(points[0].graph_coords[1]-points[1].graph_coords[1])
 119             print str(defl*(10**12))+' pN'
 120             to_dump='deflection '+self.current.path+' '+str(defl*(10**12))+' pN'
 121             self.outlet.push(to_dump)
 122         else:
 123             print 'This command makes no sense for a non-force clamp experiment.'
 124
 125     def do_step(self,args):
 126         '''
 127         STEP
 128
 129         Measures the length and time duration of a time-Z step
 130         -----
 131         Syntax: step
 132         '''
 133         if self.current.curve.experiment == 'clamp':
 134             print 'Click three points in this fashion:'
 135             print ' (0)-------(1)'
 136             print '           |'
 137             print '           |'
 138             print '           (2)----------'
 139             points=self._measure_N_points(N=3,whatset=0)
 140             dz=abs(points[2].graph_coords[1]-points[1].graph_coords[1])*(10e+8)
 141             dt=abs(points[1].graph_coords[0]-points[0].graph_coords[0])
 142             print 'dZ: ',dz,' nm'
 143             print 'dT: ',dt,' s'
 144             to_dump='step '+self.current.path+' '+'dZ: '+str(dz)+' nm'+' dT: '+str(dt)+' s'
 145             self.outlet.push(to_dump)
 146
 147         else:
 148             print 'This command makes no sense for a non-force clamp experiment.'