net-fs/openafs-kernel: remove vulnerable versions
[gentoo.git] / eclass / emboss-r1.eclass
1 # Copyright 1999-2015 Gentoo Foundation
2 # Distributed under the terms of the GNU General Public License v2
3 # $Id$
4
5 # @ECLASS: emboss-r1.eclass
6 # @MAINTAINER:
7 # sci-biology@gentoo.org
8 # jlec@gentoo.org
9 # ted.tanberry@gmail.com
10 # @AUTHOR:
11 # Original author: Author Olivier Fisette <ofisette@gmail.com>
12 # Next gen author: Justin Lecher <jlec@gentoo.org>
13 # Next gen author: Ted Tanberry <ted.tanberry@gmail.com>
14 # @BLURB: Use this to easy install EMBOSS and EMBASSY programs (EMBOSS add-ons).
15 # @DESCRIPTION:
16 # The inheriting ebuild must set at least EAPI=5 and provide EBO_DESCRIPTION before the inherit line.
17 # KEYWORDS should be set. Additionally "(R|P)DEPEND"encies and other standard
18 # ebuild variables can be extended (FOO+=" bar").
19 #
20 # Example:
21 #
22 # EAPI="5"
23 #
24 # EBO_DESCRIPTION="applications from the CBS group"
25 #
26 # inherit emboss-r1
27
28 # @ECLASS-VARIABLE: EBO_DESCRIPTION
29 # @DESCRIPTION:
30 # Should be set. Completes the generic description of the embassy module as follows:
31 #
32 # EMBOSS integrated version of ${EBO_DESCRIPTION},
33 # e.g.
34 # "EMBOSS integrated version of applications from the CBS group"
35 #
36 # Defaults to the upstream name of the module.
37
38 # @ECLASS-VARIABLE: EBO_EXTRA_ECONF
39 # @DEFAULT_UNSET
40 # @DESCRIPTION:
41 # Extra config options passed to econf.
42
43 case ${EAPI:-0} in
44         5) ;;
45         *) die "this eclass doesn't support < EAPI 5" ;;
46 esac
47
48 inherit autotools-utils eutils flag-o-matic
49
50 HOMEPAGE="http://emboss.sourceforge.net/"
51 LICENSE="LGPL-2 GPL-2"
52
53 SLOT="0"
54 IUSE="mysql pdf png postgres static-libs X"
55
56 DEPEND="
57         dev-libs/expat
58         dev-libs/libpcre:3
59         sci-libs/plplot
60         sys-libs/zlib
61         mysql? ( virtual/mysql )
62         pdf? ( media-libs/libharu )
63         png? ( media-libs/gd[png] )
64         postgres? ( dev-db/postgresql:= )
65         X? ( x11-libs/libXt )"
66 RDEPEND="${DEPEND}"
67
68 if [[ ${PN} == embassy-* ]]; then
69         EMBASSY_PACKAGE=yes
70         # The EMBASSY package name, retrieved from the inheriting ebuild's name
71         EN=${PN:8}
72         # The full name and version of the EMBASSY package (excluding the Gentoo
73         # revision number)
74         EF=$(echo ${EN} | tr "[:lower:]" "[:upper:]")-${PV}
75         : ${EBO_DESCRIPTION:=${EN}}
76         DESCRIPTION="EMBOSS integrated version of ${EBO_DESCRIPTION}"
77         SRC_URI="ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/${EF}.tar.gz -> embassy-${EN}-${PVR}.tar.gz"
78         DEPEND+=" >=sci-biology/emboss-6.6.0[mysql=,pdf=,png=,postgres=,static-libs=,X=]"
79
80         S="${WORKDIR}"/${EF}
81 fi
82
83 # @FUNCTION: emboss_src_prepare
84 # @DESCRIPTION:
85 # Does the following things
86 #
87 #  1. Renames configure.in to configure.ac, if possible
88 #  2. Applies ${PATCHES[@]} and runs autotools via autotools-utils.eclass
89 #
90
91 emboss-r1_src_prepare() {
92         if [[ -e configure.in ]]; then
93                 mv configure.{in,ac} || die
94         fi
95
96         autotools-utils_src_prepare
97 }
98
99 # @FUNCTION: emboss_src_configure
100 # @DESCRIPTION:
101 # runs econf with following options.
102 #
103 #  $(use_with X x)
104 #  $(use_with png pngdriver)
105 #  $(use_with pdf hpdf)
106 #  $(use_with mysql mysql)
107 #  $(use_with postgres postgresql)
108 #  $(use_enable static-libs static)
109 #  --enable-large
110 #  --without-java
111 #  --enable-systemlibs
112 #  ${EBO_EXTRA_ECONF}
113
114 emboss-r1_src_configure() {
115         local myeconfargs=(
116                 $(use_with X x)
117                 $(use_with png pngdriver "${EPREFIX}/usr")
118                 $(use_with pdf hpdf "${EPREFIX}/usr")
119                 $(use_with mysql mysql "${EPREFIX}/usr/bin/mysql_config")
120                 $(use_with postgres postgresql "${EPREFIX}/usr/bin/pg_config")
121                 --enable-large
122                 --without-java
123                 --enable-systemlibs
124                 ${EBO_EXTRA_ECONF}
125         )
126
127         [[ ${EMBASSY_PACKAGE} == yes ]] && \
128                 append-cppflags "-I${EPREFIX}/usr/include/emboss"
129
130         autotools-utils_src_configure
131 }
132
133 EXPORT_FUNCTIONS src_prepare src_configure