CHANGELOG

   1 THIS CHANGELOG FILE CONTANS PRE-SVN CHANGELOGS AND SUMMARIES OF POST-SVN CHANGELOGS.
   2 FROM 0.8.4 ONWARD, DETAILED CHANGELOGS ARE AVAILABLE ON THE HOOKE SUBVERSION REPOSITORY.
   3
   4 0.8.4
   5 (2008-x-x)
   6     PLUGINS:
   7     macro.py:
   8         hooke does not crash if it doesn't have permissions to create the folder
   9         fixed overwriting of export for curves with the same name and different numerical extension
  10         fixed macrodir (out of try-catch)
  11         cleaned debug output in execmacro
  12
  13 0.8.3
  14 (2008-04-16)
  15     PLUGINS:
  16     generalvclamp.py:
  17         fixed autopeak header
  18         fixed autopeak slope (now unwanted slope values are discarded)
  19
  20 0.8.2
  21 (2008-04-10)
  22     PLUGINS:
  23     flatfilts.py:
  24         convfilt does not crash if a file is not a curve
  25     generalvclamp.py:
  26         autopeak now saves curve data correctly
  27         autopeak now generates a dummy note (so that copylog/notelog is aware you measured the curve)
  28
  29 0.8.1
  30 (2008-04-07)
  31     PLUGINS:
  32     generalvclamp.py:
  33         fixed DeprecationWarning in flatten
  34     flatfilts.py
  35         convfilt now working
  36
  37
  38 0.8.0:
  39 (2008-04-04)
  40     hooke.py:
  41         sanity check of CLI plugins to avoid function overloading at startup
  42     hooke_cli.py ; libhooke.py:
  43         now playlists keep the index (when you reload the playlist, it starts from the
  44             last observed curve)
  45         updated plot to use _send_plot()
  46         hooke.conf accepts lists as arguments for variables in <display>
  47         txt, export now have consistent argument order (thanks to A.G.Casado for pointing me that)
  48         txt crashes no more if no filename is given (thanks to A.G.Casado for pointing me that)
  49     libhookecurve.py:
  50         added add_set() , remove_set() methods to make life easier for plugin writers
  51     procplots.py:
  52         plotmanip_correct() works with new picoforce.py deflection output (see)
  53     PLUGINS:
  54     fit.py:
  55         updated wlc to use _send_plot()
  56         wlc noauto now keeps the contact point
  57         wlc reclick to click again the contact point
  58         temperature now set in hooke.conf
  59     generalvclamp.py:
  60         implemented slope (thanks to Marco Brucale)
  61         implemented autopeak
  62     flatfilts.py:
  63         convfilt,peaks use flattened curve
  64     macro.py:
  65         (new) added macro plugin (thanks to Alberto Gomez Casado)
  66     DRIVERS:
  67     picoforce.py:
  68         fixed trigger bug! (thanks to Alberto Gomez Casado)
  69         better deflection output (separated extension,retraction)
  70
  71 0.7.5:
  72 (2008-03-27)
  73     hooke_cli.py:
  74         removed outdated size command
  75     PLUGINS:
  76     generalvclamp.py:
  77         implemented flatten
  78     DRIVERS:
  79     added tutorialdriver.py driver
  80     csvdriver.py:
  81         fixed (forgot close_all() method)
  82
  83 0.7.4:
  84 (2008-03-19)
  85     added csvdriver driver
  86     hooke_cli.py:
  87         fixed plot manipulators handling (now it's safe to comment a
  88               plot manipulator on hooke.conf)
  89     PLUGINS:
  90     fit.py:
  91         fixed possible crash when clicking two times the same point on wlc
  92
  93 0.7.3:
  94 (2008-01-10)
  95     hooke_cli.py:
  96         fixed crash on copylog
  97     PLUGINS:
  98         massanalysis.py:
  99             Initial release
 100         tutorial.py:
 101             Tutorial plugin, initial release
 102
 103 0.7.2.1:
 104 (2007-11-30)
 105     PLUGINS:
 106         flatfilt.py:
 107             fixed crash on Windows
 108
 109 0.7.2:
 110 (2007-11-29)
 111     hooke.py:
 112         new configuration variable hookedir
 113     hooke_cli.py:
 114         copylog now checks if the destination is a real directory
 115         fixed crashes in set
 116     PLUGINS:
 117         generalvclamp.py:
 118             fixed a crash in forcebase when picking two times the same point
 119         flatfilt.py:
 120             fixed crash due to convfilt.conf impossible to load
 121             initial implementation of the blind window for convfilt
 122             initial data set maps (NOT FINISHED)
 123
 124 0.7.1:
 125 (2007-11-26)
 126     PLUGINS:
 127         flatfilts.py:
 128             fixed possible crash in convfilt
 129             implemented configuration file convfilt.conf
 130             convfilt defaults are now 5 peaks 5 times more the noise absdev
 131             implemented convconf
 132             implemented setconf
 133         libpeakspot.py:
 134             fixed:now it really uses noise_absdev
 135
 136 0.7.0:
 137 (2007-11-15)
 138     hooke_cli.py:
 139         implemented _send_plot() helper API function
 140     PLUGINS:
 141         generalvclamp.py:
 142             fixed forcebase to work with subtplot
 143         flatfilts.py:
 144             implemented convfilt!
 145             added libpeakspot.py (helping library for convolution filter)
 146
 147 0.6.5:
 148 (2007-11-06)
 149     hooke_cli.py, hooke.py:
 150         plateau and contact (unmaintained) deleted and scheduled for re-release in generalvramp
 151         implemented _measure_N_points()
 152     PLUGINS:
 153     generalvclamp.py:
 154         implemented forcebase
 155     fit.py:
 156         wlc now accepts and uses temperature as an argument
 157         wlc has been cleaned and uses new APIs
 158
 159 0.6.4:
 160 (2007-10-23)
 161     hooke_cli.py, libhooke.py:
 162         implemented support for defining order of plotmanip methods in hooke.conf
 163     hooke_cli.py:
 164         implemented delta
 165         implemented point
 166         attempted fix to bug 0033 (notelog crashing Hooke when using Unicode characters)
 167     PLUGINS:
 168     generalvramp.py:
 169         began to move velocity ramp force spectroscopy-specific things in separate plugin
 170     procplots.py:
 171         added detriggerize; "set detrigger" 0/1 disables/enables it.
 172     DRIVERS:
 173     picoforce.py:
 174         removed detriggerize() from driver
 175
 176 0.6.3:
 177 (2007-10-02)
 178     hooke_cli.py:
 179         rewritten txt command, now working
 180     DRIVERS:
 181     picoforce.py:
 182         implemented detriggerize() to bypass the Picoforce trigger bug
 183     PLUGINS:
 184     superimpose.py:
 185         implemented plotavgimpose
 186
 187 0.6.2:
 188 (2007-09-27)
 189     hooke_cli.py:
 190         fixed error handling in notelog
 191         smarter handling of directory names in genlist
 192         unexpected error handling in do_plot()
 193     hooke.py:
 194         implemented GetDisplayedPlot event and handlers
 195     PLUGINS:
 196     fit.py:
 197         fixed (bug 0029) about replotting of wlc on a subtplot curve
 198         multiple fitting displayed (to refine...)
 199
 200 0.6.1:
 201 (2007-08-06)
 202     libhooke.py , hooke.py:
 203         initial support for workdir configuration variable
 204     libhooke.py:
 205         fixed Driver() etc. semantics for gracefully handling unrecognized plots
 206     hooke_cli.py:
 207         fixed export namehandling
 208         fixed plot error handling
 209     PLUGINS:
 210     flatfilts.py:
 211         fixed memory leak
 212     generalclamp.py:
 213         fixed step command
 214
 215 0.6.0 "Anko":
 216 (2007-07-25)
 217     hooke.py:
 218         initial plugin support for the gui
 219         wlc fitting now 100% plugin
 220         measure_points replaces measure_couple etc. and provides much better extensibility
 221     hooke_cli.py:
 222         curves are sorted at beginning
 223     PLUGINS:
 224     procplots.py:
 225         fft now allows for user selection of curve segment; select the plot; etc.
 226     fit.py:
 227         added gui section of plugin, now completely independent
 228         fixed bug of wlc output
 229     superimpose.py:
 230         new plugin for superimposition of curve segments (still in development)
 231     generalclamp.py:
 232         all clamp commands now in a single plugin
 233         implemented step
 234
 235 0.5.4:
 236 (2007-06-15)
 237     procplots.py:
 238         fixed fft crash with Numpy 1.0.1
 239     hooke.py:
 240         fixed crashes if plot.scatter[] was empty
 241         fixed management of multiple plots (bug #0025)
 242     hooke_cli.py
 243         fixed zpiezo error in measurement
 244     hemingclamp.py, picoforce.py:
 245         implemented close_all() method in drivers to avoid too many open files error
 246     flatfilts.py:
 247         fixed memory leak
 248 0.5.3:
 249 (2007-06-06)
 250     wlc.py, hooke.py:
 251         fixing and cleaning fit code: now the fit is part of a PlotObject and 100% coded in wlc.py
 252         plotting of the wlc.py clicked points also begin to be part of a PlotObject
 253         management of 'scatter' style property of plots
 254     hooke_cli.py
 255         fixed measuring error in defl, zpiezo
 256     flatfilts.py:
 257         slightly optimized has_features() routine
 258     procplots.py:
 259         fixed derivplot for every number of vectors
 260         fixed possible crash of subtplot if applied on a file with != 2 plots
 261         added fft command
 262     libhookecurve.py:
 263         fixed xaxis, yaxis for non-default plots: now defined from PlotObject
 264         PlotObject now defines a styles[] vector
 265 0.5.2:
 266 (2007-05-21)
 267     versioning a bit cleaned
 268     fixed bug in hemingclamp.py preventing filename to appear
 269     fixed wxversion problem for 2.8
 270     fixed too many open files bug (bug 0024)
 271     added index command
 272 0.5.1:
 273 (2007-05-09)
 274     using wxversion to choose from multiple wx versions
 275     fixed old dependencies remaining
 276 0.5.0 "Ingyo":
 277 (2007-05-03)
 278     general code updating and rewriting due to plugin support/better plot management
 279     hooke.py:
 280         initial plugin architecture for the command line.
 281         initial plugin architecture for file drivers
 282         initial plugin architecture for processing plots
 283         export can now export both top and bottom plot (not together)
 284     hooke_cli.py:
 285         wlc fitting moved to fit.py plugin
 286         flatfilt moved to flatfilts.py plugin
 287         subtplot, derivplot moved to procplots.py plugin
 288         double plot temporarily fixed for previous commands
 289         export can now export both top and bottom plot (not together)
 290
 291 0.4.1:
 292 (2007-02-13)
 293     hooke_cli.py:
 294         double plot now default for clamp experiments
 295     libhooke.py:
 296         fixed bug that prevented flatfilt to work
 297         (maybe) fixed memory leak in flatfilt
 298
 299 0.4.0 "Hanzei":
 300 (2007-02-08)
 301     general code updating and rewriting due to double plot/force clamp supports
 302     hooke.py:
 303         initial dummy menu sketch
 304     hooke.py, hooke_cli.py:
 305         first general support in code for double plot:
 306         - derivplot now in separate plot
 307         - implemented show and close commands
 308         - all functions should be double plot-aware
 309         - clicking a point is double plot-aware
 310     libhooke.py, hooke_cli.py:
 311         general code cleanup: vectors_to_plot(), subtract_plot(), find_contact_point() and derivplot routines are now methods of class HookeCurve
 312     hooke_cli.py:
 313         implemented quit (alias of exit)
 314         implemented version
 315     libhooke.py, hooke.py, hooke_cli.py:
 316         initial support for force clamp experiments:
 317         - hemingclamp driver supported
 318         - "experiment" flag describes what kind of experiment is a curve
 319         - time, zpiezo, defl commands implemented
 320     libhemingclamp.py:
 321         inital release.
 322
 323 0.3.1:
 324     hooke.py:
 325         fixed stupid bug in plateau
 326         fixed bug in derivplot and subtplot not taking into account xaxes/yaxes variables
 327 0.3.0:
 328     from now on, all changelog is stored in CHANGELOG
 329     hooke.py, libhooke.py, hooke_cli.py:
 330         fixed plot and flatfilt crash when processing corrupt files
 331         flatfilt output now more verbose
 332         implemented system (execute an external OS command)
 333         implemented copylog (copies annotated curves to a given directory) (todo 0033)
 334         initial txt implementation (exports the current curve as a text file) (todo 0023)
 335         fixed exit behaviour (bug 0013)
 336         xaxes and yaxes variables now control visualization of plot (todo 0018)
 337         new (better) contact point algorithm + workaround for the picoforce trigger bug
 338 0.2.2 :
 339     hooke.py, hooke_cli.py, libhooke.py:
 340         support for fixed persistent length in WLC
 341 0.2.1 :
 342     hooke.py , libhooke.py:
 343         fixed 'wlc noauto' bug (0012) preventing correct contact point to be used
 344 0.2.0 :
 345     hooke_cli.py:
 346         implemented getlist (alias of genlist)
 347         implemented contact (to plot the contact point)
 348         fixed bug 0001 (Hooke crashes when opening a non-pf file)
 349         fixed bug 0008  (Hooke crashes when generating a playlist with malformed namefiles/nonexistent files)
 350         now the plot is refreshed after a "set" command (todo 0014)
 351         wlc fit can use the (new) automatic contact point detection (old behaviour is preserved with "noauto" option)
 352     hooke.py:
 353         fixed versioning printing
 354         complete refactoring of contact point routines
 355         wlc fit adapted to use the (new) automatic contact point detection
 356         wlc fit code a bit cleaned; parts moved to libhooke.py
 357     libhooke.py:
 358         new contact point algorithm (new algorithm)
 359         wlc fit now uses a fancier domain (from contact point to a bit more than last point); initial chunk preparation section moved from hooke.py
 360
 361
 362 OLDER CHANGELOGS:
 363
 364 hooke.py:
 365 0.1.1   :
 366     From now on, all changelog is stored in hooke.py
 367     hooke_cli.py:
 368         corrected bug 0010 (addtolist bug), alerts when hitting start/end of playlist
 369 2006_09_15_devel=0.1.0: initial WLC fit support. We hit 0.1 milestone :D
 370 2006_08_28_devel: refactoring of plot interaction
 371 2006_06_14_devel: fixed libhooke calls
 372 2006_06_08_devel: initial automatic contact point finding
 373 2006_05_30_devel: configuration file support
 374
 375 hooke_cli.py:
 376 0.1.1 : from now on, all changelog is in hooke.py
 377 2006_09_15_devel: implemented wlc; 0.1.0 milestone.
 378 2006_08_28_devel: refactoring of plot interaction
 379 2006_07_23_devel: implemented note; implemented flatfilt; implemented notelog; exit now warns if playlist/notes
 380                   have not been saved.
 381 2006_07_18_devel: implemented subtplot; bug 0007 ("cd" crashing) fixed
 382 2006_06_16_devel: moved math helper functions in libhooke.py
 383 2006_06_14_devel: fixed "jump" output; fixed "exit" (now it works!); fixed off-by-one bug in deflection-correction
 384 2006_06_08_devel: fixed "loadlist" output;
 385 2006_05_30_devel: initial configuration file support; added "set" command; initial deflection-correction support; added "ls" command as an alias of "dir"
 386 2006_05_23_devel: rewriting of playlist-handling code due to major rewrite of hooke_playlist.py
 387
 388 libhooke.py
 389 0.1.1   : from now on, all changelog is in hooke.py
 390 2006_09_15_devel : initial WLC support
 391 2006_09_14_devel : initial support for Hemingway velocity clamp files, minor refactorings
 392 2006_07_22_devel : implemented math function has_features
 393 2006_06_16_devel : math functions moved here
 394 2006_06_08_devel : hooke_playlist.py becomes libhooke.py
 395 2006_05_30_devel : support for deflection in HookeCurve
 396 2006_05_29_devel : Initial configuration file support
 397 2006_05_23_devel : Major rewrite. Fixed bug 0002